Да, это несогласованное определение, так как ржать подразумевает издавать громкий звук, а слово "тихо" указывает на отсутствие звука или его минимальное проявление. Правильным было бы использовать формулировку "тихо всхлипывал" или другое подходящее слово для описания тихого звука, который издает лошадь.