Cуществительное "капитан" и "корабль" имеют разные склонения.

"Капитан":

Именительный падеж: капитанРодительный падеж: капитанаДательный падеж: капитануВинительный падеж: капитанаТворительный падеж: капитаномПредложный падеж: о капитане

"Корабль":

Именительный падеж: корабльРодительный падеж: корабляДательный падеж: кораблюВинительный падеж: корабльТворительный падеж: кораблёмПредложный падеж: о корабле

Таким образом, в сочетании "капитан корабль" нужно использовать именительный падеж для обоих слов: капитан (кто?) и корабль (что?) - например: "Капитан командует кораблем".