Это связано с особенностями произношения и слоговой структурой слов. В слове "сороконожка" между буквами "к" и "о" стоит гласная "о", так как данное слово произносится как "сороко-ножка", где "к" идет после гласного звука. В слове "сорокалетний", между буквами "к" и "а" идет согласный звук, слово произносится как "сорока-летний", поэтому после "к" идет буква "а".