Орфограммы в корне "гнезд" и "гнездо" образованы из-за различных словоизменительных приставок. Слово "гнезд" относится к глаголу "гнездить", который имеет корень "гнезд-", а слово "гнездо" происходит от этого же корня, но уже со словообразующим окончанием "-о". Таким образом, в отдельных словах орфограммы образуются вследствие изменений корня при добавлении различных аффиксов и окончаний.