"По дереву" - это шутливое выражение, обычно используемое для описания того, как кто-то объясняет что-то очень простое или очевидное, с большим количеством подробностей и сложных объяснений.

В данном случае, разбирая цифру 3 "по дереву", можно представить себе ситуацию, когда кто-то рассказывает о том, что цифра 3 - это одно из основных чисел, которое следует после 2 и перед 4, содержит один порядок три и т.д., при этом излишне подробно и пошагово объясняет очень простое и легко понятное понятие.