Да, "лимон" и "лимонка" - это однокоренные слова. Оба эти слова происходят от общего корня "лимон", который обозначает цитрусовый фрукт. "Лимонка" - это женская форма слова "лимон", обычно используется для обозначения маленького или спелого лимона.