Слово "липа" происходит от древнерусского слова "липа", в котором после "п" стояла буква "а". В ходе языковой эволюции это слово сохранило свою орфографию, несмотря на то, что в современном произношении гласный звук после "п" немного удлинился и звучит как "па". Таким образом, написание слова "липа" сочетает в себе историческое написание и современное произношение.