В русском языке подчеркивание буквы Ш в словах "БОЛЬШОГО" и "ХОРОШЕГО" является особенностью написания, употребляемой для удобства чтения и правописания. Это делается для того, чтобы более четко разграничить звук Ш в словах с окончанием на "ШЕГО" и "ШОГО". Таким образом, подчеркнутая буква (Ш) обозначает, что она читается отдельно от последующего слога, где необходимо сохранить сочетание "Ш+О".

Таким образом, в словах "БОЛЬШОГО" и "ХОРОШЕГО" подчеркиваются буквы Ш для того, чтобы обозначить правильное произношение и написание.