Окончание в слове "В церкви" подчинено правилам родительного падежа в русском языке. В данном случае, слово "церковь" имеет мягкий согласный звук в конце, поэтому в родительном падеже окончание меняется на "-и". Таким образом, в ситуации, где мы говорим о месте нахождения чего-либо (например, "чего? где?"), используется форма "В церкви".