К- корневой морфема (в данном случае местоимение "кто" является непроизводным морфемным словом).

т- суффикс (индикатив лица - одушевленное).

о- флексия (номинативный падеж, единственное число).

Итак, местоимение "кто" состоит из одной корневой морфемы "к", суффикса "т" и флексии "о".