Это связано с правилами русского языка, касающимися изменения буквы е на ё. В словах втроём и полёт буква е изменяется на ё для того, чтобы сохранить нужное произношение. А в словах впятером и пилот буква о используется, так как в данных случаях звук о соответствует требуемому произношению.