Орфограммы - это правила написания слов, относящиеся к орфографии, то есть к системе правил правописания в языке. Орфограммы в корнях слов - это правила написания основы слова (корня), например, правило о редуцировании гласных в корнях слов при образовании словоформ (например, "кошка" - "кот"), или о правильной написании приставок и суффиксов в корнях слов. Орфограммы в окончаниях слов - это правила написания окончаний слов, например, о правильном написании окончаний при изменении форм слов (например, окончания прилагательных в родительном падеже множественного числа).