Правило правописания -е,-и в падежных окончаниях состоит в том, что если слово имеет ударение на последний слог, то в именительном падеже единственного числа окончание будет -е (например: музе́й - музе́й), а в остальных падежах -и (например: музе́я - музе́я, музе́ю - музе́ю).

Если же слово имеет ударение на предпоследний или более ранний слог, то именительный падеж единственного числа будет на -и (например: книга́ - книги́), а в остальных падежах -е (например: книги́ - книге́, книге́ - книге́).

Это правило действует и для других слов с подобными окончаниями в зависимости от ударения.