Здесь ошибка в том, что слово "были" стоит в форме множественного числа, а следует использовать форму единственного числа "было", так как подготовленная энциклопедия - единое целое. Правильно будет: "Многие критические замечания и ценные предложения было внесено в подготовленную энциклопедию к переизданию".