Глаголы "хотеть" и "бежать" разноспрягаемые, потому что они принадлежат к различным глагольным классам и имеют разные основы в разных формах. Глагол "хотеть" относится к первому спряжению и его основа меняется в зависимости от времени и лица (хочу, хочешь, хочет, хотим, хотите, хотят).
Глагол "бежать" относится к четвертому спряжению и его основа также меняется в зависимости от времени и лица (бегу, бежишь, бежит, бежим, бежите, бегут).
Таким образом, различие в спряжении этих глаголов обусловлено их принадлежностью к разным глагольным классам и устройством русского глагольного спряжения.