1) Правописание корней с чередованием е-и и а-о основано на звуковом принципе. Если в корне слова слышится звук [е], то в косвенных падежах и формах на базе этого корня пишется буква "е". Например: крест – креста, верблюд – верблюда.
Если же слышится [и] или [е] на месте а, то в падежных формах используется буква "и". Например: гость – гостя, дверь – двери.
Аналогично, если в корне слова слышится звук [а], то в формах с а в основе пишется "а", а в формах с о – "о". Например: ряд – ряда, хлеб – хлеба.

2) Правило правописания окончаний е-и в именах существительных основано на историческом развитии слов и их родственных форм. Обычно в именах существительных в именительном падеже окончание у слова оканчивается на "-е" (например, здание), а в других падежах окончание может изменяться на "-и" в зависимости от исторической формы слова (например, здания). Это утверждение действительно для большинства случаев, но встречаются исключения и слова, оканчивающиеся на "-ий" или "-ий" в различных падежах.