Находки окаменелостей переходных форм. Например, археоптерикс - древнейшая известная птица, обладающая чертами, характерными как для динозавров, так и для современных птиц.

Изучение изменений в строении скелета животных. Например, у древних приматов были хвосты, которые со временем уменьшались и переставали служить для передвижения.

Сходство генетического кода у различных видов. Изучение геномов различных организмов показывает, что все они имеют общих предков.

Закономерности развития организмов в эмбриональном состоянии. Например, у позвоночных эмбрионы в процессе развития проходят через стадии, характерные для разных видов.