Простейшие играют огромную роль в природе, так как они являются базовыми организмами, от которых зависит баланс и устойчивость экосистем. Они участвуют в круговороте веществ, являются источником пищи для других организмов, а также играют важную роль в разложении органических веществ. Некоторые простейшие также вырабатывают кислород и участвуют в процессах фотосинтеза. Таким образом, простейшие представляют собой основу жизни на Земле.