Одним из главных доказательств происхождения кишечнополостных от протистов является сходство структуры клеток энтероплазмид с клетками кишечнополостных. Также было установлено, что многие гены, ответственные за метаболизм и дыхание у кишечнополостных, схожи с генами протистов. Эти и другие факты подтверждают гипотезу о происхождении кишечнополостных от протистов.