Молекулы аминокислот имеют общие основные строительные элементы: аминогруппу(NH2), карбоксильную группу(COOH) и боковую цепь. Все аминокислоты имеют общее строение и различаются только боковой цепью, которая определяет их свойства.

Различия между аминокислотами в основном связаны с химическим составом и структурой их боковой цепи. Поэтому различные аминокислоты могут отличаться по своей полярности, заряженности, гидрофобности и другим химическим свойствам.

Кроме того, аминокислоты отличаются и по своей функциональной роли в организме: они могут быть использованы для синтеза белков, участвовать в обмене веществ, быть прекурсорами для синтеза некоторых важных метаболитов.