Главные признаки, по которым проводят систематику губок, включают в себя морфологические особенности животного тела (такие как форма, размер, структура пустотелости, наличие специализированных клеток и органов), анатомические и физиологические характеристики (например, строение внутренних органов, способ питания и дыхания), а также генетические и молекулярные данные (например, последовательность ДНК). Кроме того, учитывается история эволюции и экологические особенности губок.