Морские простейшие имеют ряд особенностей, которые отличают их от пресноводных:

У морских простейших отсутствует вакуоль, что помогает им сберечь осмотический баланс в морской воде.

Морские простейшие обычно имеют более устойчивые оболочки, чтобы защитить их от соленой воды и других морских условий.

У многих морских простейших развито специфическое строение для фильтрации и поглощения питательных веществ из морской воды.

Некоторые морские простейшие способны выделять особые соединения для усвоения соли из морской воды.

В некоторых случаях, морские простейшие имеют специализированные органы или структуры для плавания в морской среде.