Отличие в цвете: красные водоросли имеют красный, пурпурный или коричневато-красный оттенок, в то время как бурые водоросли имеют коричневый цвет.

Отличие в содержании фикобилипротеинов: красные водоросли содержат фикобилипротеины, которые придают им красный цвет, в то время как бурые водоросли не содержат таких пигментов.

Отличие в морфологии: красные водоросли обычно имеют цилиндрическую форму с разветвленными структурами, в то время как бурые водоросли чаще имеют листовидную или филлоидную форму.

Отличие в местообитании: красные водоросли чаще встречаются в тропических и субтропических водах, а бурые водоросли наиболее распространены в умеренных и холодных морях.

Отличие в экологической роли: красные водоросли обычно играют роль пищи для различных морских организмов, а бурые водоросли часто выступают в качестве основного строительного компонента рифов и морских алгоксенозов.