Внутримолекулярная водородная связь обычно характерна для веществ, содержащих функциональные группы, способные образовывать водородные связи. Например, такие функциональные группы как гидроксильная (-OH), карбоксильная (-COOH), карбонильная (-C=O) и амидная (-NH-) группы могут образовывать внутримолекулярные водородные связи в молекулах органических соединений.