Існує кілька факторів, які можуть призвести до невдачі створення абсолютно ізольованої від біосфери штучної екосистеми:

Недосконала технологія. Технологічні рішення можуть бути не досить розвинутими або ефективними для створення стійкої штучної екосистеми. Непередбачені проблеми з системами живлення, очищення води, контролю клімату тощо можуть привести до порушення балансу в екосистемі.

Недостатня різноманітність видів. Щоб екосистема функціонувала стабільно, вона потребує різноманітності видів рослин та тварин. Брак різноманітності може призвести до стресу для деяких видів та порушення екологічного балансу.

Відсутність механізмів саморегуляції. В природних екосистемах є складна система взаємообміну та регуляції популяцій видів. Відсутність таких механізмів в штучній екосистемі може призвести до виражених коливань та неконтрольованих змін у популяціях видів.

Зовнішні впливи. Навіть якщо штучна екосистема ізольована від зовнішніх факторів, негативний вплив відповідно до навколишнього середовища все одно може вплинути на неї. Наприклад, раптові зміни у рівні освітлення або температури можуть викликати стрес серед видів і призвести до небажаних наслідків.

Врахування цих факторів та постійний контроль за умовами у штучній екосистемі може допомогти зберегти стабільність та підтримати життєздатність такої системи протягом тривалого часу.