Собственное питание: Свободноживущая клетка может обеспечить своё питание самостоятельно, за счёт фотосинтеза или химической окислительной фосфорилирования. В то время как клетка многоклеточного организма не имеет возможности самостоятельно обеспечить себя питанием и зависит от других клеток в организме.

Размер и форма: Свободноживущая клетка обычно имеет небольшие размеры и разнообразные формы, в то время как клетки многоклеточных организмов имеют более стандартные размеры и форму, определяемую их функцией в организме.

Способ деления: Свободноживущая клетка обычно делится путём бинарного деления, в то время как клетки многоклеточных организмов могут делиться либо митозом, либо мейозом в зависимости от их роли в организме.

Специализация: В многоклеточных организмах клетки специализированы для выполнения определенных функций и образуют различные ткани и органы, в то время как свободноживущие клетки обычно выполняют все функции самостоятельно.

Коммуникация: Клетки многоклеточных организмов обычно обмениваются сигналами и взаимодействуют друг с другом для координации своей деятельности, в то время как свободноживущие клетки обычно работают независимо от других клеток.