Особенностью половой системы малощетинковых червей является то, что у них отсутствуют отдельные половые органы. Вместо этого у многих видов малощетинковых червей пол полузакрытые ячейки, называемые гонадами, где образуются половые клетки. Половая система малощетинковых червей может быть как раздельнополой, так и гермафродитной.