Половые хромосомы имеют двойную спиральную структуру, как и все другие хромосомы в клетке. Они состоят из длинных молекул ДНК, свернутых вокруг белков (гистонов) и нехроматиновых белков. У человека половые хромосомы делятся на два типа: Х-хромосомы и Y-хромосомы. У мужчин есть одна X-хромосома и одна Y-хромосома (как XY), а у женщин две X-хромосомы (XX).