Процесс транспорта протонов и электронов по цепи митохондриального окисления начинается с комплекса I, который называется Надгородок. Здесь донор электронов - НАДН + Н, а акцептор - коэнзим Q. Комплекс I преобразует НАДН + Н в НАД и Н+ и передает электроны на коэнзим Q. При этом протоны перекачиваются через мембрану митохондрии, создавая градиент концентрации.

Далее электроны перемещаются на комплекс II, который называется Сукцинатдегидрогеназа. Здесь донор - ФАДН, а акцептор - коэнзим Q. Комплекс II добавляет электроны коэнзиму Q и также перекачивает протоны через мембрану.

Затем электроны переходят на комплекс III, который известен как Цитохром С-редуктаза. Здесь донор - коэнзим Q, а акцептор - цитохром С. Комплекс III передает электроны на цитохром C и опять же перекачивает протоны.

Последним звеном цепи является комплекс IV, который называется Цитохром С Оксидаза. Здесь донор электронов - цитохром C, а акцептор - молекулярный кислород. Комплекс IV окисляет цитохром C и восстанавливает кислород до воды. При этом также происходит перекачка протонов через мембрану.

Таким образом, в результате транспорта протонов и электронов по цепи митохондриального окисления создается градиент концентрации протонов через мембрану митохондрии, который используется для синтеза АТФ в процессе окислительного фосфорилирования.