Такое количество макроэрга обусловлено тем, что при окислении ФАДН2 в цепи переноса электронов происходит образование протонного градиента через мембрану митохондрий (или плазматическую мембрану у прокариот). Этот протонный градиент создает потенциал электрохимического градиента, который используется аденозинтрифосфатсинтазой (ATP-синтазой) для синтеза молекул АТФ из аденозиндифосфата (ADP) и органического фосфата. Таким образом, окисление ФАДН2 в конечном итоге приводит к синтезу 2 молекул АТФ.