Поражение агаммаглобулинемией свидетельствует о нарушении функций иммунной системы, в частности о снижении уровня иммуноглобулинов (антител), ответственных за защиту организма от инфекций. Это может указывать на нарушения в работе В-лимфоцитов, ответственных за продуцирование антител, Т-лимфоцитов, участвующих в клеточном иммунном ответе, а также макрофагов и микрофагов, которые участвуют в фагоцитозе и уничтожении патогенов.