Ион водорода называется протоном, потому что он состоит из одного протона. Протон - это положительно заряженная элементарная частица, которая находится в ядре атома вместе с нейтронами. Поэтому ион водорода, в котором отсутствует электрон и находится только протон, называется протоном.

Научное основание для названия иона водорода протоном состоит в том, что протон является основной частицей, составляющей ядро атома, и имеет непосредственное отношение к иону водорода. Также происходит от греческого слова "protos", что означает "первый" или "главный".