Зародыш семени сосны обыкновенной состоит из молодого растительного организма, который развивается из эмбриона. В прорастающем семени можно выделить эмбриональную ось, первичные листья (котикулы) и корневую систему. Эмбриональная ось содержит зародыш и первичные листья, которые будут развиваться в первые настоящие листья растения. Корневая система состоит из проростающего корня, который будет обеспечивать почвенным питательными веществами, и корневого колышка, на который растение будет закрепляться в почве. Все эти части зародыша сосны обыкновенной соединены и обеспечивают начало развития нового растения.