Инфузория-туфелька отличается от амебы обыкновенной более сложным строением как за счет наличия сложно устроенного цитостома, через который происходит захват пищи и выделение отходов, так и из-за наличия комплекса микронуклей и макронуклей, ответственных за разнообразные функции в клетке, включая регуляцию обмена веществ, клеточное дыхание и репродукцию.

Кроме того, у инфузорий-туфелек также имеются цитостом, цитопротеид и костиль, которые также участвуют в питании и перемещении клетки. Таким образом, инфузории-туфельки обладают более сложным уровнем организации по сравнению с амебой обыкновенной.