Направление экологии, изучающее трофические связи между организмами в пресном водоеме, называется гидроэкологией. Гидроэкология изучает взаимодействие организмов в водной среде, их питание, конкуренцию, хищничество, перемещение энергии и веществ в экосистеме. В рамках гидроэкологии анализируются пищевые цепи и сети, биомасса, процессы питания и разложения, а также воздействие антропогенных факторов на биологическое разнообразие в водной среде.