Жгутиконстцы, которые не являются паразитическими, включают в себя такие виды, как Mastigamoeba balamuthi, Euglena gracilis, Trichomonas vaginalis, Giardia lamblia и другие. Эти организмы обладают способностью к фотосинтезу, хемосинтезу или хемоорганическому питанию и не являются паразитами других организмов.