Чабрец имеет поверхностную корневую систему с мелкими корнями, которые распространяются горизонтально в почве. Это позволяет растению эффективно извлекать питательные вещества и воду из верхних слоев почвы. Корни чабреца также способны образовывать микоризу – взаимовыгодное симбиотическое отношение с грибами, которые помогают растению усваивать питательные вещества.