Современная точка зрения на происхождение эукариотических одноклеточных организмов связана с теорией эндосимбиоза. Согласно этой теории, эукариотические клетки возникли благодаря симбиозу прокариотических клеток. В процессе этой симбиоза, одна прокариотическая клетка поглотила другую, однако вместо переваривания внутри себя, она начала образовывать с ней взаимовыгодные отношения. Это привело к образованию клеточных органелл, таких как митохондрии и хлоропласты, которые являются характерными для эукариотических клеток. Таким образом, считается, что происхождение эукариотических клеток связано с эволюцией и симбиозом прокариотических организмов.