Сходство полуавтономных органоидов клетки обнаруживается с митохондриями и хлоропластами. Митохондрии сходны по строению с бактериями, а хлоропласты - с цианобактериями. Исходя из этого, можно предположить, что полуавтономные органоиды клетки происходят от эволюционно старых организмов и являются результатом эндосимбиоза, когда прокариотические клетки были захвачены эукариотическими клетками, и последующим слиянием в симбиотические органели.