При близкородственном скрещивании существует большая вероятность того, что оба родителя несут одинаковые рецессивные мутации в геноме. Это может привести к проявлению гомозиготности по рецессивным аллелям у потомства, что увеличивает вероятность развития генетических заболеваний или дефектов.

Доминантные мутации, напротив, проявляются в случае наличия хотя бы одной копии доминантного аллеля. При близкородственном скрещивании вероятность наличия доминантного аллеля у одного из родителей выше, чем вероятность наличия обоими родителями рецессивных аллелей. Поэтому проявление рецессивных мутаций более типично при близкородственном скрещивании.