Экспериментальное исследование макроэволюции не всегда возможно из-за длительного временного масштаба, необходимого для изучения эволюционных процессов на уровне высших таксонов (например, видов и выше). Эволюция обычно происходит на протяжении миллионов лет, и проведение эксперимента, который занимает столько времени, практически невозможно.

Кроме того, процессы макроэволюции могут быть сложными и зависеть от множества различных факторов, включая окружающую среду, генетические изменения и взаимодействия между видами. Изучение всех этих факторов в контролируемой экспериментальной среде также является сложной задачей.

Тем не менее, существуют другие методы исследования макроэволюции, такие как исследование и сравнение окаменелостей, генетический анализ и моделирование, которые позволяют ученым лучше понять процессы, лежащие в основе макроэволюции. Несмотря на то, что экспериментальное исследование макроэволюции имеет свои трудности, совокупность различных методов исследования позволяет получать ценную информацию о процессах эволюции на макроуровне.