«Невидимые нити природы» — в первую очередь метафора. Так обычно называют различные невидимые, но действующие связи и силы, которые удерживают и организуют живую и неживую природу. В разных контекстах это может означать разное:

Физические силы и поля: гравитация, электромагнитные поля, ядерные взаимодействия — они «невидимо» держат планеты на орбитах, связывают атомы в молекулы и задают поведение материи.
Пример: гравитация удерживает атмосферу и океаны, электромагнитное взаимодействие формирует химические связи.

Экологические связи и сети: пищевые цепи и сети, симбиоз, опыление, циклы веществ — растения, животные и микроорганизмы взаимозависимы через потоки энергии и веществ.
Пример: пчёлы опылением связывают растения и обеспечивают урожай; грибные микоризы соединяют корни деревьев и перераспределяют углеводы и минералы.

Молекулярные и биохимические взаимодействия: ДНК, белки, гормоны и нейромедиаторы — «невидимые» механизмы, управляющие развитием, поведением и обменом информации в организмах.
Пример: гормоны регулируют рост и метаболизм; сигнальные пути в клетке управляют ответом на стресс.

Эволюционные и филогенетические связи: общие предки и коэволюция видов — истории родства и взаимного приспособления, которые не видны сразу, но проявляются в строении и поведении видов.

Сигналы и коммуникация: химические (феромоны), звуковые, визуальные сигналы, биолюминесценция — «невидимые» способы обмена информацией между организмами.

Также выражение часто употребляется в поэтическом и философском смысле (судьба, дух, моральные или культурные связи).

Если хотите, могу рассказать подробнее о каком‑то конкретном «нитьевом» аспекте: физические поля, экосети (например, «Wood Wide Web»), молекулярные сети или примеры взаимозависимости в экосистемах. Какой из смыслов интересует?