Сходства:

Оба не цветковые, размножаются спорами — нет семян и цветов.Для оплодотворения требуется вода (подвижные жгутиковые сперматозоиды).В цикле чередование поколений: гаметофит (n) и спорофит (2n). Например: (\text{гаметофит }(n)\to\text{гаметы}\to\text{оплодотворение}\to\text{спорофит }(2n)\to\text{мейоз}\to\text{споры }(n)).Важны в экосистемах как пионеры и для удержания влаги/почвы.

Различия:

Система проводящих тканей: папоротники — сосудистые (есть ксилема и флоэма), мхи — беспроводистые (нет настоящих сосудов).Доминирующее поколение: у мхов доминирует гаметофит (видимая «растущая» форма), у папоротников — спорофит (высокие зелёные листья).Корни/прикрепление: папоротники имеют настоящие корни; мхи — ризоиды (простые волосковидные структуры).Листья и рост: папоротники обычно крупные с перистыми вайями; мхи мелкие, листья тонкие (часто однослойные) и прилегающие.Место спороношения: у папоротников спорангии часто сгруппированы в сорусы на нижней стороне вайи; у мхов споры в капсулах на ножке (стете).Размер и разнообразие форм: папоротники часто выше (см — метры), мхи низкорослые (см — сантиметры); число видов приблизительно: папоротников (\sim 10{,}000), мхов (\sim 12{,}000).Экологические роли/использование: мхи — первопроходцы, важны для почвообразования и влажности; папоротники — декоративные, лесные компоненты, у некоторых — экономическое значение.

Кратко: главное отличие — наличие сосудистой системы и доминирование спорофита у папоротников versus отсутствие сосудов и доминирование гаметофита у мхов; сходство — споровое размножение и зависимость от влаги при оплодотворении.