Кратко и по шагам:
1) Клиника и родословная
- Подтвердить диагноз у больного (клініко-лабораторные данные, патоморфология, биохимия).
- Расширить родословную (минимум три поколения), отметить здоровых/больных, степень родства; проверить консanguinity.
2) Начальная генетическая интерпретация
- При здоровых родителях и заболевшем одном ребёнке предположение — аутосомно-рецессивное (АР). Ожидаемый риск повторного поражения при подтверждённой АР: $\frac{1}{4}$ для каждого следующего ребёнка.
- Вероятность того, что невоздействованный брат/сестра является носителем до тестирования:
$P(\text{носитель}\mid \text{зд.сибл})=\frac{2\cdot \frac{1}{4}}{\frac{3}{4}}=\frac{2}{3}.$
3) Лабораторная стратегия (поэтапно; от узконаправленного к широкому)
- 1-й этап (прямо на пробандe): целенаправленный тест на известные генетические варианты/мутат. в подозреваемом гене или в ген-панели для данной фенотипической группы (NGS-панели).
- 2-й этап (если 1-й отриц.): трёхстороннее (trio) секвенирование: экзом (WES) с анализом филогенетики, или если доступно/необходимо — геном (WGS). При подозрении на крупные делеции/дупликации — добавить MLPA/array-CGH или CNV-анализ по NGS.
- 3-й этап (если WES/WGS «несводимо»): RNA-seq из релевантной ткани (для выявления сплайсинг-аномалий), длинное чтение (long-read sequencing) для структурных вариантов/повторов, эпигенетический анализ (метилирование) при соответствующей фенотипике.
- Всегда проверять популяционные/фондаторские варианты и использовать базы (ClinVar, HGMD).
4) Сегрегационный анализ и валидация
- Подтвердить найденные варианты у пробанда методом Sanger; тестировать родителей для определения фазиса (тран/цис). Для АР ожидается, что у каждого родителя по одной патогенной аллели.
- При наличии нескольких поражённых/здоровых родственников провести сегрегационный анализ / гаплотипирование; при больших семьях — классическая линкидж-аналитика или гомозиготность картирование (при консангвинии).
5) Классификация и расчёт рисков после молекулярного результата
- Если у пробанда найдены два патогенных варианта в тран — родители оба носители → риск для потомства: $\frac{1}{4}$.
- Если найден только один мутантный аллель у пробанда → возможна неполная детекция второго (CNV, нестандартные варианты, интронные) или мозаицизм; пока не найден второй — нельзя однозначно дать $\frac{1}{4}$.
- Если у родителей: один или оба теста отрицательны — учитывать чувствительность метода. Остаточный риск для родителя после отрицательного теста: $\text{residual}=\text{prior}\times (1-\text{sensitivity}).$
6) Скрининг носителей и реprodктивные опции
- Предложить родственникам каскадное тестирование на выявленный(-ые) патогенный(-ие) вариант(-ы).
- ПГД/PGT-M при ЭКО, пренатальная диагностика (CVS/амнио) с тестированием известных вариантов.
- При отсутствии выявленных вариантов — консультировать о риске по фенотипической информации, предложить расширенное тестирование (WES/WGS).
7) Практические рекомендации по ведению
- Валидировать все клинически значимые варианты Sanger'ом; оценивать по ACMG-критериям; документировать и депонировать (ClinVar).
- Дать письменный отчёт с интерпретацией, остаточными рисками, вариантами обследования и репродуктивными опциями; обеспечить генетическое консультирование.
Краткие формулы, которые применимы в оценке риска:
- Риск поражённого ребёнка при подтверждённой АР (оба родителя — носители): $\frac{1}{4}.$
- Вероятность того, что невоздействованный сибл является носителем (до тестирования): $\frac{2}{3}.$
- Остаточный риск после отрицательного теста: $\text{residual}=\text{prior}\times (1-\text{sensitivity}).$
Если нужно — подготовлю конкретную поэтапную программу исследований для вашей семьи с указанием тест-центров/панелей и ожидаемой чувствительности для каждого метода.