Объясните, как принципы популяционной генетики (эффект основателя, дрейф, миграция, отбор) взаимодействуют при колонизации нового острова и какие прогнозы можно сделать для генетического разнообразия через 100 поколений
Коротко о взаимодействии процессов и числовые прогнозы. 1) Что делает каждый процесс (в одну — две формулы/фразы): - Эффект основателя / бутылочное горлышко: при колонизации исходная частота аллелей выбирается среди небольшого числа особей; теряются редкие аллели, уменьшается богатство аллелей и гетерозиготность. Однопоколенное сокращение до NfN_fNf даёт падение гетерозиготности примерно на множитель (1−12Nf)\bigl(1-\tfrac{1}{2N_f}\bigr)(1−2Nf1). - Генетический дрейф: случайные флуктуации частот приводят к дальнейшему уменьшению гетерозиготности по закону Ht=H0(1−12Ne)t≈H0e−t/(2Ne),
H_t = H_0\Bigl(1-\frac{1}{2N_e}\Bigr)^t \approx H_0 e^{-t/(2N_e)}, Ht=H0(1−2Ne1)t≈H0e−t/(2Ne),
где NeN_eNe — эффективный размер популяции. - Миграция (генетический поток): привносит аллели из материка; изменение частоты аллеля на острове за поколение p′=(1−m)pisland+mpmainland,
p'=(1-m)p_{island}+m p_{mainland}, p′=(1−m)pisland+mpmainland,
а степень генетического сходства оценивается приближением FST≈11+4Nem.
F_{ST}\approx\frac{1}{1+4N_e m}. FST≈1+4Nem1.
- Отбор: поддерживает/сдвигает частоты полезных/вредных аллелей; селекция эффективно действует, когда Nes≫1,
N_e s \gg 1, Nes≫1,
в противном случае дрейф доминирует. 2) Как они взаимодействуют при колонизации: - Сначала эффект основателя резко снижает богатство аллелей и гетерозиготность; после этого дрейф продолжает терять вариацию, особенно при малых NeN_eNe. - Миграция противостоит потерям: при достаточном mmm популяция быстро восстанавливает вариацию (малый FSTF_{ST}FST); при малом mmm остров быстро дифференцируется. - Отбор может удерживать или фиксировать локально полезные варианты даже при дрейфе, если NesN_e sNes велик; при малом NeN_eNe и слабом s селекция слабее дрейфа и локальная адаптация затруднена. 3) Прогнозы через 100 поколений — примерные сценарии (берём начальную гетерозиготность H0=0.8H_0=0.8H0=0.8): - Сценарий A — малый эффективный размер после основания: Ne=20N_e=20Ne=20, почти отсутствует миграция (m≈0m\approx0m≈0): H100=0.8(1−12⋅20)100=0.8⋅0.0795≈0.064.
H_{100}=0.8\Bigl(1-\frac{1}{2\cdot 20}\Bigr)^{100}=0.8\cdot 0.0795\approx 0.064. H100=0.8(1−2⋅201)100=0.8⋅0.0795≈0.064.
Ожидается сильная утрата гетерозиготности и большинства редких аллелей; высокая фиксация случайных вариантов. - Сценарий B — средний Ne=100N_e=100Ne=100, низкая миграция m=0.001m=0.001m=0.001: H100=0.8(1−12⋅100)100=0.8⋅0.606≈0.485.
H_{100}=0.8\Bigl(1-\frac{1}{2\cdot100}\Bigr)^{100}=0.8\cdot 0.606\approx 0.485. H100=0.8(1−2⋅1001)100=0.8⋅0.606≈0.485.
Степень дифференциации от источника по формуле FST≈11+4⋅100⋅0.001=0.714F_{ST}\approx\frac{1}{1+4\cdot100\cdot0.001}=0.714FST≈1+4⋅100⋅0.0011=0.714 (сильная дифференциация при очень малом mmm). - Сценарий C — крупный Ne=500N_e=500Ne=500, умеренная миграция m=0.01m=0.01m=0.01: H100=0.8(1−12⋅500)100=0.8⋅0.905≈0.724,
H_{100}=0.8\Bigl(1-\frac{1}{2\cdot500}\Bigr)^{100}=0.8\cdot 0.905\approx 0.724, H100=0.8(1−2⋅5001)100=0.8⋅0.905≈0.724,
и FST≈11+4⋅500⋅0.01=0.2F_{ST}\approx\frac{1}{1+4\cdot500\cdot0.01}=0.2FST≈1+4⋅500⋅0.011=0.2. Вариация близка к исходной, дрейф слабее, миграция поддерживает общую вариативность. 4) Роль селекции в прогнозах: - Если полезный аллель имеет силу селекции sss и Nes>1N_e s>1Nes>1, его частота будет определяться отбором, а не дрейфом; вероятность фиксации нового благоприятного мутационного аллеля ~2s2s2s (для диплоидов при малых s). - При mmm больших, чем порядка sss, миграция может мешать локальной адаптации (приблизительно условие устойчивости локальной адаптации m≲sm\lesssim sm≲s). Краткие выводы: - Малые NeN_eNe + низкая миграция → через 100 поколений сильная потеря гетерозиготности и аллельного богатства, высокая дифференциация. - Средний/большой NeN_eNe и/или значительная миграция → большая часть исходной вариативности сохранится. - Селекция может сохранить или распространить полезные аллели, но её эффективность определяется величиной NesN_e sNes. Если хотите, могу привести таблицу с прогнозами для других комбинаций NeN_eNe, mmm, sss или построить график изменения HtH_tHt.
1) Что делает каждый процесс (в одну — две формулы/фразы):
- Эффект основателя / бутылочное горлышко: при колонизации исходная частота аллелей выбирается среди небольшого числа особей; теряются редкие аллели, уменьшается богатство аллелей и гетерозиготность. Однопоколенное сокращение до NfN_fNf даёт падение гетерозиготности примерно на множитель (1−12Nf)\bigl(1-\tfrac{1}{2N_f}\bigr)(1−2Nf 1 ).
- Генетический дрейф: случайные флуктуации частот приводят к дальнейшему уменьшению гетерозиготности по закону
Ht=H0(1−12Ne)t≈H0e−t/(2Ne), H_t = H_0\Bigl(1-\frac{1}{2N_e}\Bigr)^t \approx H_0 e^{-t/(2N_e)},
Ht =H0 (1−2Ne 1 )t≈H0 e−t/(2Ne ), где NeN_eNe — эффективный размер популяции.
- Миграция (генетический поток): привносит аллели из материка; изменение частоты аллеля на острове за поколение
p′=(1−m)pisland+mpmainland, p'=(1-m)p_{island}+m p_{mainland},
p′=(1−m)pisland +mpmainland , а степень генетического сходства оценивается приближением
FST≈11+4Nem. F_{ST}\approx\frac{1}{1+4N_e m}.
FST ≈1+4Ne m1 . - Отбор: поддерживает/сдвигает частоты полезных/вредных аллелей; селекция эффективно действует, когда
Nes≫1, N_e s \gg 1,
Ne s≫1, в противном случае дрейф доминирует.
2) Как они взаимодействуют при колонизации:
- Сначала эффект основателя резко снижает богатство аллелей и гетерозиготность; после этого дрейф продолжает терять вариацию, особенно при малых NeN_eNe .
- Миграция противостоит потерям: при достаточном mmm популяция быстро восстанавливает вариацию (малый FSTF_{ST}FST ); при малом mmm остров быстро дифференцируется.
- Отбор может удерживать или фиксировать локально полезные варианты даже при дрейфе, если NesN_e sNe s велик; при малом NeN_eNe и слабом s селекция слабее дрейфа и локальная адаптация затруднена.
3) Прогнозы через 100 поколений — примерные сценарии (берём начальную гетерозиготность H0=0.8H_0=0.8H0 =0.8):
- Сценарий A — малый эффективный размер после основания: Ne=20N_e=20Ne =20, почти отсутствует миграция (m≈0m\approx0m≈0):
H100=0.8(1−12⋅20)100=0.8⋅0.0795≈0.064. H_{100}=0.8\Bigl(1-\frac{1}{2\cdot 20}\Bigr)^{100}=0.8\cdot 0.0795\approx 0.064.
H100 =0.8(1−2⋅201 )100=0.8⋅0.0795≈0.064. Ожидается сильная утрата гетерозиготности и большинства редких аллелей; высокая фиксация случайных вариантов.
- Сценарий B — средний Ne=100N_e=100Ne =100, низкая миграция m=0.001m=0.001m=0.001:
H100=0.8(1−12⋅100)100=0.8⋅0.606≈0.485. H_{100}=0.8\Bigl(1-\frac{1}{2\cdot100}\Bigr)^{100}=0.8\cdot 0.606\approx 0.485.
H100 =0.8(1−2⋅1001 )100=0.8⋅0.606≈0.485. Степень дифференциации от источника по формуле FST≈11+4⋅100⋅0.001=0.714F_{ST}\approx\frac{1}{1+4\cdot100\cdot0.001}=0.714FST ≈1+4⋅100⋅0.0011 =0.714 (сильная дифференциация при очень малом mmm).
- Сценарий C — крупный Ne=500N_e=500Ne =500, умеренная миграция m=0.01m=0.01m=0.01:
H100=0.8(1−12⋅500)100=0.8⋅0.905≈0.724, H_{100}=0.8\Bigl(1-\frac{1}{2\cdot500}\Bigr)^{100}=0.8\cdot 0.905\approx 0.724,
H100 =0.8(1−2⋅5001 )100=0.8⋅0.905≈0.724, и FST≈11+4⋅500⋅0.01=0.2F_{ST}\approx\frac{1}{1+4\cdot500\cdot0.01}=0.2FST ≈1+4⋅500⋅0.011 =0.2. Вариация близка к исходной, дрейф слабее, миграция поддерживает общую вариативность.
4) Роль селекции в прогнозах:
- Если полезный аллель имеет силу селекции sss и Nes>1N_e s>1Ne s>1, его частота будет определяться отбором, а не дрейфом; вероятность фиксации нового благоприятного мутационного аллеля ~2s2s2s (для диплоидов при малых s).
- При mmm больших, чем порядка sss, миграция может мешать локальной адаптации (приблизительно условие устойчивости локальной адаптации m≲sm\lesssim sm≲s).
Краткие выводы:
- Малые NeN_eNe + низкая миграция → через 100 поколений сильная потеря гетерозиготности и аллельного богатства, высокая дифференциация.
- Средний/большой NeN_eNe и/или значительная миграция → большая часть исходной вариативности сохранится.
- Селекция может сохранить или распространить полезные аллели, но её эффективность определяется величиной NesN_e sNe s.
Если хотите, могу привести таблицу с прогнозами для других комбинаций NeN_eNe , mmm, sss или построить график изменения HtH_tHt .