Кратко — бактерии (прокариоты) принципиально отличаются от клеток растений, животных и грибов (эукариот) организацией и набором структур. Главное:
- Отсутствие ядра: у бактерий нет оформленного ядра — генетический материал в виде нуклеоида, обычно одна круговая хромосома; у эукариот — ядро с мембраной и линейные хромосомы.
- Отсутствие мембранных органелл: у бактерий нет митохондрий, эндоплазматического ретикулума, аппаратa Гольджи и т. п.; у эукариот эти органеллы присутствуют и compartmentalize функции.
- Структура ДНК и дополнительные элементы: у бактерий часто плазмиды (кольцевые ДНК) и организованы оперонами; у эукариот — множественные линейные хромосомы, хроматин с гистонами.
- Стена клетки: у большинства бактерий клеточная стенка из пептидогликана (муреина); у растений — целлюлоза, у грибов — хитин; у животных клеточной стенки нет.
- Рибосомы: бактериальные рибосомы размером $70S$, эукариотические — $80S$.
- Размер: бактерии обычно малы — порядка \(\(0.5\text{–}5\ \mu\text{m}\)\), клетки эукариот больше — \(\(10\text{–}100\ \mu\text{m}\)\).
- Размножение и генетическая рекомбинация: бинарное деление у бактерий; у эукариот — митоз/мейоз; у бактерий горизонтальный перенос (конъюгация, трансформация, трансдукция).
- Мотильность: бактериальные жгутики имеют роторный белковый мотор (структурно отличаются от эукариотических жгутиков/ресничек с «9+2» микротрубочками).
Эти отличия делают прокариотную клетку более простой по организации, но специализированной и эффективной в других аспектах (быстрый рост, горизонтальный перенос генов).