Хламидомонада зеленого цвета благодаря наличию в ее клетках хлорофилла, который является основным пигментом, ответственным за фотосинтез и захват световой энергии. Хлорофилл поглощает световую энергию из солнечного света и использует ее для преобразования углекислого газа и воды в органические вещества, такие как глюкоза, и освобождения кислорода. Именно благодаря хлорофиллу хламидомонада обладает зеленым цветом.