Ферменты, находящиеся в лизосомах, обладают строго определенной оптимальной кислотностью, необходимой для их работы. Эта оптимальная кислотность находится в пределах pH 4-5, что является кислотной средой. Мембрана лизосомы же защищена от распада за счет высокого уровня липидов, что делает ее устойчивой даже в кислой среде. Таким образом, ферменты в лизосоме не растворяют ее мембрану, так как они работают исключительно внутри лизосомы и не могут проникнуть наружу.