Главное отличие голосеменных растений от покрытосеменных (цветковых) заключается в том, что у голосеменных растений семена образуются непосредственно на шишках или шишкоягодах, тогда как у цветковых растений семена образуются внутри плода, который является результатом оплодотворения цветка. Кроме того, цветковые растения обычно имеют цветки, они разнообразны по размерам и цветам, а голосеменные растения могут быть пыльчатыми или древесными, семена - голосеменные являются простой формой плодородия, обычно не содержат плодородных покровов.