Організація геному в різних групах організмів може бути різною. Наприклад, в прокаріотичних організмах, таких як бактерії, геном зазвичай організований у колову молекулу ДНК, яка знаходиться в цитоплазмі. У еукаріотичних організмах, які включають у себе рослини, тварин та гриби, геном складається з багатьох хромосом, розташованих у ядрі клітини.

Крім того, організація геному може відрізнятися в залежності від виду організму. Наприклад, у людини геном складається з 23 пар хромосом, а у тварин може бути різна кількість хромосом. Також важливо враховувати різноманітність біологічних процесів, які регулюють виразність генів і міжгенетичну взаємодію, що також впливає на організацію геному в різних групах організмів.